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녹색아카데미

더 나은 앎으로 푸른 미래를 가꾸는 사람들의 공부모임

녹색문명공부모임

생명체는 지속적인 자유에너지의 공급을 필요로 한다

자료
녹색문명공부모임
작성자
자연사랑
작성일
2024-03-31 15:40
조회
1246

생명체가 지속적인 자유에너지의 공급을 필요로 한다는 것은 실상 현대 세포생물학에서 가장 근본적인 주장일 것입니다.

세포분자생물학에서 거의 바이블처럼 여겨지는 브루스 앨버츠(B. Alberts) 등의 교과서에서 해당 내용을 찾아보았습니다.

  • Bruce Alberts et al. (2022) Molecular Biology of the Cell. Seventh Edition. Norton. https://a.co/d/eIszw2i

이 책의 1장(pp. 2-9)에서 지구상 생명체의 보편적 특성들(THE UNIVERSAL FEATURES OF LIFE ON EARTH)을 다음과 같이 열거하고 있습니다.

  • 모든 세포는 이중 가닥 DNA 분자의 형태로 유전 정보를 저장한다. All Cells Store Their Hereditary Information in the Form of Double-Strand DNA Molecules
  • 모든 세포는 템플릿 중합을 통해 유전 정보를 복제한다. All Cells Replicate Their Hereditary Information by Templated Polymerization
  • 모든 세포는 DNA의 일부를 RNA 분자로 전사한다. All Cells Transcribe Portions of Their DNA into RNA Molecules
  • 모든 세포는 단백질을 촉매로 사용한다. All Cells Use Proteins as Catalysts
  • 모든 세포는 동일한 방식으로 RNA를 단백질로 번역한다. All Cells Translate RNA into Protein in the Same Way
  • 각 단백질은 특정 유전자에 의해 암호화된다. Each Protein Is Encoded by a Specific Gene
  • 생명은 지속적인 자유 에너지의 투입이 필요하다. Life Requires a Continual Input of Free Energy
  • 모든 세포는 생화학 공장으로 기능한다. All Cells Function as Biochemical Factories
  • 모든 세포는 영양분과 노폐물이 통과해야 하는 원형질막으로 둘러싸여 있다. All Cells Are Enclosed in a Plasma Membrane Across Which Nutrients and Waste Materials Must Pass
  • 세포는 무작위 열 운동에 의해 지배되는 미세한 규모로 작동한다. Cells Operate at a Microscopic Scale Dominated by Random Thermal Motion

이 절은 다음과 같은 문장으로 시작됩니다.

"오늘날 지구상에는 200만 종 이상의 생물이 살고 있지만, 아직 발견되지 않은 생물이 훨씬 더 많다. 각 종은 서로 다르며, 각 종은 스스로를 충실히 번식하여 그 종에 고유한 자손을 낳는다. 따라서 부모 생물은 자손이 갖게 될 특성을 매우 상세하게 명시한 정보를 물려준다. 이러한 유전 현상은 생명 정의의 핵심으로, 부모와 자손의 특성 사이에 동일한 유형의 연결 없이 구조가 생성되는 수정의 성장이나 촛불의 연소, 물 위에 파도가 형성되는 것과 같은 다른 과정과 생명을 구별한다. 살아있는 유기체는 촛불 불꽃처럼 존재하기 위해 자유 에너지를 소비해야 한다. 그러나 생명체는 이 자유 에너지를 사용하여 세포의 유전 정보에 따라 세포의 복잡한 조직을 생성하고 유지하는 매우 복잡한 화학 반응 시스템을 구동한다.

대부분의 생명체는 단일 세포로 이루어져 있다. 인간과 같은 생명체는 세포 그룹이 복잡한 세포 간 통신 시스템으로 연결된 특수 기능을 수행하는 거대한 다세포 도시와 같다. 그러나 인체를 구성하는 $10^{13}$ 개 이상의 세포가 모여 있는 집합체라 하더라도 전체 유기체는 단일 세포에서 세포 분열을 통해 생성된다. 따라서 단일 세포에는 한 종을 정의하는 모든 유전 정보가 포함되어 있다. 또한 세포는 환경으로부터 원료를 수집하고 이를 통해 부모의 유전 정보를 복사한 새로운 세포를 자신의 형상으로 만드는 데 필요한 모든 기계를 포함하고 있어야 한다. 지구상의 모든 세포는 정말 놀랍다." [DeepL로 초벌번역한 뒤 수정]

"There are more than 2 million described species living on Earth today, but many, many more are yet to be discovered. Each species is different, and each reproduces itself faithfully, yielding progeny that are unique to that species. Thus, the parent organism hands down information specifying, in extraordinary detail, the characteristics that the offspring will have. This phenomenon of heredity is central to the definition of life: it distinguishes life from other processes, such as the growth of a crystal, or the burning of a candle, or the formation of waves on water, in which structures are generated without the same type of link between the peculiarities of parents and offspring. A living organism must consume free energy to exist, as does a candle flame. But life employs this free energy to drive a very complex system of chemical reactions that create and maintain the intricate organization of its cells, all as specified by the hereditary information in those cells.

Most living organisms are single cells. Others, such as us, are like vast multicellular cities in which groups of cells perform specialized functions that are linked by intricate systems of intercellular communication. But even for the aggregate of more than $10^{13}$ cells that makes up a human body, the whole organism has been generated by cell divisions from a single cell. The single cell therefore contains all of the hereditary information that defines a species. The cell must also contain all of the machinery needed to gather raw materials from the environment and to construct from them a new cell in its own image, complete with a new copy of the hereditary information of its parent. Every cell on Earth is truly amazing."

이 중 자유에너지와 관련된 서술은 아래와 같습니다.

생명은 지속적인 자유 에너지의 투입이 필요하다.

Life Requires a Continual Input of Free Energy

"살아있는 세포는 화학적 평형으로부터 멀리 떨어져 있는 동역학적인 화학 시스템이다. 세포가 성장하거나 자신의 형상을 본떠 새로운 세포를 만들려면 필요한 합성 반응을 일으키기 위해 원료뿐만 아니라 환경으로부터 자유 에너지를 섭취해야 한다. 이러한 자유 에너지 소비는 생명의 기본이다. 이 에너지를 사용할 수 없게 되면 세포는 화학적 평형을 향해 붕괴하고 곧 죽게 된다.

한 가지 예로, 유전 정보가 전파되는 데는 자유 에너지가 필요하다. 세포의 분자를 열에너지가 부여된 물체 떼가 무작위로 격렬하게 움직이며 서로 충돌하여 충격을 받는다고 상상해 보라. 예를 들어 DNA 염기서열의 형태로 유전 정보를 복사하려면 이 거친 군집에서 뉴클레오티드 분자를 포착하여 기존의 템플릿에 정의된 특정 순서로 배열하고 고정된 관계로 서로 연결해야 한다. 뉴클레오타이드를 템플릿의 적절한 위치에 고정하고 서로 결합하는 결합은 열 운동의 무질서한 효과에 저항할 수 있을 만큼 충분히 강해야 한다. 결합 과정은 정확한 결합이 이루어지고 견고하게 만들어지는 데 필요한 자유 에너지의 소비에 의해 진행된다. 분자를 용수철이 달린 덫에 비유하자면, 분자는 적절한 파트너를 만나면 더 안정적이고 낮은 에너지로 결합된 상태로 튈 준비가 되어 있다고 할 수 있다. 분자들이 결합된 배열로 서로 스냅되면서 사용 가능한 저장 에너지, 즉 덫의 용수철 에너지와 같은 자유 에너지가 방출되어 열로 발산한다. 세포에서는 정보 전달의 기본이 되는 화학적 과정이 더 복잡하지만 질서 생성을 위해 자유 에너지가 소비되어야 한다는 기본 원리는 동일하게 적용된다.

따라서 유전 정보를 충실히 복제하고 실제로 모든 복잡한 분자를 정확한 사양에 따라 만들기 위해서는 세포에 자유 에너지가 필요하며, 이는 주변에서 어떻게든 가져와야 한다. 동물 세포에 필요한 자유 에너지는 음식 분자의 화학 결합에서 동물이 섭취하는 음식 분자의 화학 결합에서 파생되는 반면, 식물은 햇빛에서 자유 에너지를 얻는다."[DeepL로 초벌번역한 뒤 수정]

"A living cell is a dynamic chemical system, operating far from chemical equilibrium. For a cell to grow or to make a new cell in its own image, it must take in free energy from the environment, as well as raw materials, to drive the necessary synthetic reactions. This consumption of free energy is fundamental to life. When this energy is not available, a cell decays toward chemical equilibrium and soon dies.

As one example, free energy is required for the propagation of genetic information. Picture the molecules in a cell as a swarm of objects endowed with thermal energy, moving around violently at random, buffeted by collisions with one another. To copy genetic information—in the form of a DNA sequence, for example—nucleotide molecules from this wild crowd must be captured, arranged in a specific order defined by a preexisting template, and linked together in a fixed relationship. The bonds that hold the nucleotides in their proper places on the template and join them together must be strong enough to resist the disordering effect of thermal motion, which we describe shortly. The joining process is driven forward by a consumption of free energy, which is needed to ensure that the correct bonds are made, and made robustly. As an analogy, the molecules might be compared with spring-loaded traps, ready to snap into a more stable, lower-energy attached state when they meet their proper partners. As they snap together into the bonded arrangement, their available stored energy—their free energy—like the energy of the spring in the trap, is released and dissipated as heat. In a cell, the chemical processes underlying information transfer are more complex, but the same basic principle applies: free energy must be spent for the creation of order.

To replicate its genetic information faithfully, and indeed to make all its complex molecules according to the correct specifications, the cell therefore requires free energy, which has to be imported somehow from the surroundings. The free energy required by animal cells is derived from chemical bonds in food molecules that the animals eat, whereas plants get their free energy from sunlight." (pp. 7-8)

Molecular-Biology-of-the-Cell-Bruce-Alberts-et-al.pdf

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우와! 자세한 자료, 설명들 감사드립니다! 열심히 읽어보겠습니다.
2025.06.09
1. 변별체의 존재 양상에 대해서는 앞으로도 공부할 거리가 많은 것 같습니다. 어쩌면 제가 바로 위의 답글에 쓴 물의 온도를 재는 상황이 도움이 될 수도 있겠습니다. 저는 장회익 선생님의 '변별체' 개념이 물리학에서 말하는 측정장치 개념에서 군더더기를 걷어내고 가장 핵심적인 부분을 요약하여 추상화한 것이라고 생각합니다. 직관적으로는 모종의 측정장치를 염두에 두면 이해가 더 쉬웠던 것 같습니다. 입자물리학에서는 매우 다양한 측정장치 또는 검출장치를 사용합니다. 장회익 선생님께서 세미나에서 인용하신 안개상자(cloud chamber)나 거품상자(bubble chamber)가 전형적인 예입니다. 겹실틈 실험에서 사용하는 사진건판도 변별체입니다. https://en.wikipedia.org/wiki/Cloud_chamber https://en.wikipedia.org/wiki/Bubble_chamber 하지만 변별체가 측정장치/검출장치와 동의어는 아닙니다. 변별체는 물리적 작용을 통해 뭔가 흔적을 남길 수 있어야 하지만, 또 동시에 그것을 읽어내서 인식주체의 경험표상영역에 기록되어야 합니다. 그래서 변별체는 대상과 인식주체 사이에 놓인 가교 내지 창문의 역할을 합니다. (제가 장회익 선생님의 제안을 온전히 이해하고 있는 것은 아닙니다.) 아래 사진은 거품상자에서 기본입자가 만들어내는 궤적을 사진으로 찍은 것입니다. [사진 출처: pinterest]
2025.06.03
2.의 질문이 흥미롭습니다. '이해'라는 문제를 직접 건드리고 있기 때문입니다. 제가 이해하기로는, 대상과 변별체의 만남(조우)은 원래 인식의 문제가 아닙니다. 내가 그것을 알아채거나 기록하거나 기억하거나 그로부터 지식을 얻는 것과 전혀 무관하게 대상과 변별체가 만날 수 있기 때문입니다. 상상하기에 이 세계 속의 수많은 물질적 존재자들은 서로 만나고 헤어지고 부딪치고 멀어져갈 것입니다. 아주 먼 우주에서 행성과 혜성이 충돌하는 것을 상상해 볼 수 있습니다. 여하간 그런 상호작용을 통해 흔적이 남습니다. 그런데 그 물질적 존재자에 생긴 흔적을 인식 주체인 '나' 또는 서술세계가 받아들이면 이제 그 흔적이 경험표상영역에 새겨집니다. 인식주체가 없었더라면 그냥 물질적 충돌에 불과했을 것이 이제 '사건'이 되어 버립니다. 미묘하지만, 변별체와 경험표상영역은 동전의 양면과도 같습니다. 변별체에 남은 흔적과 경험표상영역에 새겨진 정보는 [양자역학을 어떻게 이해할까?] 50쪽의 그림 1-1에서 물질세계와 서술세계를 구별하는 점선을 넘나듭니다. 두 개의 네모 사이의 위아래 양쪽방향 화살표의 양면성입니다. 물질적 측면에서 보면 대상과 변별체가 만나서 흔적을 만들 수도 있고 그렇지 않을 수도 있습니다. 이에 따라 '사건'과 '빈-사건'이 일어납니다. 특정 변별체에 흔적이 남지 않는 것도 흔적이 남는 것 못지 않은 정보입니다. 그러나 이것만으로는 '이해'라는 말이 직접 연결되지 않을 것입니다. 제가 세미나에서 인용한 폰노이만의 온도 측정의 예를 생각해 볼 수 있습니다. (1) 비커에 담긴 물의 온도를 재려면 온도계를 넣어 수은/알콜의 높이를 보아야 합니다. 이 때 비커의 물이 대상이고 온도계는 변별체가 됩니다. (2) 온도계 높이를 알기 위해서는 전등의 빛이 수은/알콜의 경계면에 닿았다가 눈의 망막으로 와야 합니다. 이 때 온도계의 높이는 대상이 되고 빛(빛알)이 변별체가 됩니다. (3) 빛이 망막에 입사되면 망막에 있는 시신경에 나트륨 원소가 모이거나 흩어져서 전류가 만들어집니다. 이 때 빛이 대상이라면 시신경의 전위차는 변별체가 됩니다. (4) 시신경의 전위차는 뇌의 피질에서 뉴런을 발화할 수 있습니다. 그 어느 대목에서 비커에 담긴 물의 온도를 읽어냅니다. (5) 그 다음 단계가 어렵습니다. 온도계의 높이든, 망막에 생기는 흔적이든, 시신경의 전위차든, 뉴런의 발화든 여하간 어느 단계에서 흔적의 기록이 정보로 바뀌어야 합니다. 그렇게 되는 과정은 [양자역학을 어떻게 이해할까?] 32-33쪽에 서술된 것처럼 역학 모드와 서술 모드를 구별합니다. 하지만 서술 모드만으로는 '이해'를 말하기 어렵습니다. 여하간 세 번째 모드로서 '의식 모드'가 작동을 해야 비로소 '이해'가 이루어진다고 할 수 있을 것입니다. '이해'라는 문제는 매우 어렵고 중요한 것 같습니다. 하인츠 폰푀르스터의 <이해를 이해하기> 같은 저작이 도움이 될 수 있겠습니다. Heinz Foerster (2003) Understanding Understanding: Essays on Cybernetics and Cognition. Springer. https://doi.org/10.1007/b97451
2025.06.03
3. 3차원 vs. 2+1차원에 대해서는 아래 그림으로 설명하는 게 좋을 것 같습니다. 코페르니쿠스 이전, 고대그리스-이슬람-중세유럽으로 이어지는 자연철학의 전통에서 세상의 중심은 지구였습니다. 지구 주위에는 일곱 행성(七曜) 즉 달, 수성, 금성, 태양, 화성, 목성, 토성의 천구가 있고, 그 바깥에는 항성 천구가 있습니다. 지구는 네 개의 권역(구 껍질)로 이루어져 있습니다. 달의 천구 바로 아래에는 불의 권역이 있고, 그 아래로 차례로 숨/바람의 권역, 물의 권역, 흙의 권역이 있습니다. 뒤의 세 권역은 현대의 기권(氣圈, Atmosphere), 수권(水圈 Hydrosphere), 지권(地圈,Geosphere)에 대략 연결됩니다. 불의 권역은 현대의 열권(熱圈, Thermosphere)이나 전리층과 비슷합니다. 여하간, 세상(우주)의 중심은 지구의 중심이며, 이 중심을 향하는 방향이나 이 중심으로부터 벗어나는 방향이 곧 수직 방향입니다. 이와 달리 지표면의 동서남북은 어느 쪽으로도 대등합니다. 이것이 바로 (2+1)차원의 세계입니다. 세계(우주)의 중심이 지구가 아니라는 생각이 생겨나면서 수직 방향도 동서남북과 대등하지 않을까 하는 관념이 펼쳐졌습니다. 그런 생각을 펼친 사람 중 하나가 바로 르네 데카르트입니다. 데카르트는 공간의 한 점을 나타내기 위해서는 세 개의 숫자 $(x, y, z)$가 필요하다고 보았습니다. 이는 비단 눈 앞에 펼쳐지는 육면체 모양의 방 안에서의 위치만이 아니라 온 우주 전체에서의 위치에도 해당합니다. 그러면 수직 방향이나 동서 방향이나 남북 방향이 모두 대등합니다. 데카르트에게 우주는 (2+1)차원이 아니라 3차원이었습니다. [그림출처: Peter Apian (1529) Cosmographiae introductio]
2025.06.03
중요한 지적이 있었던 것 같은데 기억이 잘 나지 않습니다. 또 몇 가지 글에 대한 링크도 있었구요. 따로 답글도 있었는데 사라졌더라구요. 저의 부족한 글도 여하간 토론과 대화를 위해 필요하다고 믿기 때문에 부끄러움을 무릅쓰고 올리고 있습니다. 어떤 내용이었는지 기억을 더듬어 몇 자 적어주시면 어떨까요?
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